من أهم الإشكالات التي تضر بالبيئة بولاية بالقصرين عدم تطبيق كراس الشروط من قبل المستثمرين و بالتالي عدم معالجة المياه المستعملة أثناء التصنيع و النتيجة تلوث ومياه راكدة.
هذه الإشكالات البيئية تؤثر على المائدة المائية والغراسات وتتعمق بسبب بافتقار الجهة إلى فرع لوكالة حماية المحيط.
تقرير صوتي يفسّر انتشار هذا الاشكال بامضاء راضية الربعاوي :